PlantPromoterDB promoter information of AT2G28790

Summary of Gene (AT2G28790)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G28790 TAIR NCBI
Gene model	AT2G28790
Description	osmotin-like protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to other organism; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thaumatin, pathogenesis-related (InterPro:IPR001938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pathogenesis-related thaumatin family protein (TAIR:AT1G75800.1); Has 1026 Blast hits to 1010 proteins in 136 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 47; Fungi - 55; Plants - 906; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12356413-12355214)

`Genome position from initiation codon` `AT2G28790.1 AT2G28800.1 AT2G28800.3 TSS from cDNA TSS information AT2G28790 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G28790

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 34 - 12355430 -17

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	34	-	12355430	-17

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 12355430 -17

TSS clone C clone - 12355429 -16

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	12355430	-17
TSS clone	`C`	clone	-	12355429	-16

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATATACAC - 12355455 12355465 -42 -52

Y Patch CCTCTCTTCCTCTC - 12355390 12355403 23 10

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATATACAC`	-	12355455	12355465	-42	-52
Y Patch	`CCTCTCTTCCTCTC`	-	12355390	12355403	23	10
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGGTATTT - 12355508 12355517 -95 -104

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG567 AGGGTATT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG602 GGGTATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAAGCCC - 12355573 12355581 -160 -168

AtREG545 TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGGTATTT`		-	12355508	12355517	-95	-104
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG567	`AGGGTATT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG602	`GGGTATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAAAGCCC`		-	12355573	12355581	-160	-168
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None