version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G28840

Summary of Gene (AT2G28840)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G28840  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G28840  
Description ankyrin repeat family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Ankyrin (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ankyrin repeat family protein (TAIR:AT5G07270.1); Has 43719 Blast hits to 18213 proteins in 670 species: Archae - 45; Bacteria - 2446; Metazoa - 25804; Fungi - 2955; Plants - 1772; Viruses - 339; Other Eukaryotes - 10358 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12369992-12371191)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G28840                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G28830.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G28840

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA123+12378381-161
TSS peakC2+1237860765

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+12378337-205
TSS cloneAclone+12378344-198
TSS cloneTclone+12378353-189
TSS cloneTclone+12378373-169
TSS cloneTclone+12378375-167
TSS cloneAclone+12378381-161
TSS cloneTclone+12378382-160
TSS cloneGclone+12378384-158
TSS cloneTclone+12378385-157

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCCCTCTTCTTCTTCTCC+1237835712378380-185-162
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGTGTCGTT+1237846512378473-77-69
 AtREG599GGTGTCGT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527 GTGTCGTTDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-12370655AT2G28830.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-12370684AT2G28830.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCCTCT-1237063512370642AT2G28830.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGTTTAT-1237075612370764AT2G28830.1
 AtREG412CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598 CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGACCCGAA-1237081112370820AT2G28830.1
 AtREG375CCGACCCG   PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG383 CGACCCGA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG597  GACCCGAA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.