PlantPromoterDB promoter information of AT2G29500

Summary of Gene (AT2G29500)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G29500 TAIR NCBI
Gene model	AT2G29500
Description	17.6 kDa class I small heat shock protein (HSP17.6B-CI); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cyclopentenone, response to high light intensity, response to hydrogen peroxide, response to heat; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 17.8 kDa class I heat shock protein (HSP17.8-CI) (TAIR:AT1G07400.1); Has 4233 Blast hits to 4233 proteins in 935 species: Archae - 103; Bacteria - 2307; Metazoa - 65; Fungi - 220; Plants - 1015; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 523 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12634740-12633541)

`Genome position from initiation codon` `AT2G29500.1 TSS from cDNA TSS information AT2G29500 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G29510.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G29500

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 12633804 -64

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	12633804	-64

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 12634514 AT2G29510.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	12634514	AT2G29510.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 12634543 AT2G29510.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	12634543	AT2G29510.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCT + 12634505 12634513 AT2G29510.1

Y Patch TCTCTCTC + 12634555 12634562 AT2G29510.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCT`	+	12634505	12634513	AT2G29510.1
Y Patch	`TCTCTCTC`	+	12634555	12634562	AT2G29510.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACTGGGCCCATCT + 12634225 12634237 AT2G29510.1

AtREG384 ACTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG363 CTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422   TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403     GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG572      GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCAACGG + 12634255 12634263 AT2G29510.1

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CTATTGGGCCCATCT + 12634355 12634369 AT2G29510.1

AtREG624 CTATTGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    TTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391      GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403       GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG572        GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif