PlantPromoterDB promoter information of AT2G29530.3

Summary of Gene (AT2G29530.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G29530 TAIR NCBI
Gene model	AT2G29530.3
Description	Encodes a small zinc finger-like protein that is a component of the mitochondrial protein import apparatus.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12643243-12642044)

`Genome position from initiation codon` `AT2G29530.1 AT2G29530.2 TSS from cDNA TSS information AT2G29530.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G29540.1 AT2G29540.2 AT2G29540.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G29530.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 12642384 -141

TSS peak G 5 - 12642265 -22

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	12642384	-141
TSS peak	`G`	5	-	12642265	-22

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 12642308 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	12642308	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATAAAG - 12642293 12642300 -50 -57

Y Patch CTTCTCCT - 12642232 12642239 11 4

Y Patch CCTCTCTTC - 12642355 12642363 -112 -120

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATAAAG`	-	12642293	12642300	-50	-57
Y Patch	`CTTCTCCT`	-	12642232	12642239	11	4
Y Patch	`CCTCTCTTC`	-	12642355	12642363	-112	-120
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GATGACGTGGCGT - 12642427 12642439 -184 -196

AtREG578 GATGACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388    GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371     ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG508      CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ATACCCTT - 12642446 12642453 -203 -210

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG CGTAATTA - 12642459 12642466 -216 -223

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GATGACGTGGCGT`		-	12642427	12642439	-184	-196
	AtREG578	`GATGACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG371	`ACGTGGCG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG508	`CGTGGCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`ATACCCTT`		-	12642446	12642453	-203	-210
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`CGTAATTA`		-	12642459	12642466	-216	-223
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 12642501 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	12642501	AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 12642521 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

TSS clone T clone + 12642524 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

TSS clone T clone + 12642612 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	12642521	AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3
TSS clone	`T`	clone	+	12642524	AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3
TSS clone	`T`	clone	+	12642612	AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGCCACGTCATC + 12642427 12642439 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

AtREG508 ACGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG371 CGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388   GCCACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419    CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483     CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578      ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AAGGGTAT + 12642446 12642453 AT2G29540.1, AT2G29540.2, AT2G29540.3

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif