PlantPromoterDB promoter information of AT2G29540.3

Summary of Gene (AT2G29540.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G29540 TAIR NCBI
Gene model	AT2G29540.3
Description	RNA polymerase I(A) and III(C) 14 kDa subunit

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12642288-12643487)

`Genome position from initiation codon` `AT2G29540.1 AT2G29540.2 TSS from cDNA TSS information AT2G29540.3 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G29530.1 AT2G29530.2 AT2G29530.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G29540.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 12642501 -787

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	12642501	-787

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 12642521 -767

TSS clone T clone + 12642524 -764

TSS clone T clone + 12642612 -676

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	12642521	-767
TSS clone	`T`	clone	+	12642524	-764
TSS clone	`T`	clone	+	12642612	-676

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGCCACGTCATC + 12642427 12642439 -861 -849

AtREG508 ACGCCACG      PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG371 CGCCACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388   GCCACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419    CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483     CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578      ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AAGGGTAT + 12642446 12642453 -842 -835

AtREG623 AAGGGTAT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGCCACGTCATC`		+	12642427	12642439	-861	-849
	AtREG508	`ACGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG371	`CGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG388	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AAGGGTAT`		+	12642446	12642453	-842	-835
	AtREG623	`AAGGGTAT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 12642384 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	12642384	AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 12642308 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	12642308	AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATAAAG - 12642293 12642300 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

Y Patch CCTCTCTTC - 12642355 12642363 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATAAAG`	-	12642293	12642300	AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3
Y Patch	`CCTCTCTTC`	-	12642355	12642363	AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GATGACGTGGCGT - 12642427 12642439 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

AtREG578 GATGACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388    GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371     ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG508      CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ATACCCTT - 12642446 12642453 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG CGTAATTA - 12642459 12642466 AT2G29530.1, AT2G29530.2, AT2G29530.3

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif