PlantPromoterDB promoter information of AT2G29550

Summary of Gene (AT2G29550)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G29550 TAIR NCBI
Gene model	AT2G29550
Description	Encodes a beta-tubulin that is expressed in leaves, roots and flowers.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12646932-12645733)

`Genome position from initiation codon` `AT2G29550.1 TSS from cDNA TSS information AT2G29550 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G29560.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G29550

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 12646035 -103

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	12646035	-103

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 12646067 -135

TSS clone C clone - 12646038 -106

TSS clone A clone - 12646037 -105

TSS clone T clone - 12646036 -104

TSS clone A clone - 12646035 -103

TSS clone C clone - 12646003 -71

TSS clone A clone - 12645963 -31

TSS clone A clone - 12645939 -7

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	12646067	-135
TSS clone	`C`	clone	-	12646038	-106
TSS clone	`A`	clone	-	12646037	-105
TSS clone	`T`	clone	-	12646036	-104
TSS clone	`A`	clone	-	12646035	-103
TSS clone	`C`	clone	-	12646003	-71
TSS clone	`A`	clone	-	12645963	-31
TSS clone	`A`	clone	-	12645939	-7

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATAAATG - 12646062 12646073 -130 -141

Y Patch CTTCTCCTTTC - 12646005 12646015 -73 -83

Y Patch TCCTCTCT - 12646017 12646024 -85 -92

Y Patch CCTCCTCTTCTTCTCTCTCTCAT - 12646036 12646058 -104 -126

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATAAATG`	-	12646062	12646073	-130	-141
Y Patch	`CTTCTCCTTTC`	-	12646005	12646015	-73	-83
Y Patch	`TCCTCTCT`	-	12646017	12646024	-85	-92
Y Patch	`CCTCCTCTTCTTCTCTCTCTCAT`	-	12646036	12646058	-104	-126
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTAAA - 12646083 12646090 -151 -158

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CTAAACCGT - 12646120 12646128 -188 -196

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG TACGTGGCAT - 12646132 12646141 -200 -209

AtREG413 TACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG448 CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CTTAATGG - 12646247 12646254 -315 -322

AtREG604 CTTAATGG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG CACGTGCG - 12646284 12646291 -352 -359

AtREG541 CACGTGCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTAAA`		-	12646083	12646090	-151	-158
	AtREG610	`CCGTTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`CTAAACCGT`		-	12646120	12646128	-188	-196
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG652	`TAAACCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACGTGGCAT`		-	12646132	12646141	-200	-209
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG448	`CGTGGCAT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CTTAATGG`		-	12646247	12646254	-315	-322
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CACGTGCG`		-	12646284	12646291	-352	-359
	AtREG541	`CACGTGCG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 12646560 AT2G29560.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	12646560	AT2G29560.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 12646589 AT2G29560.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	12646589	AT2G29560.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGCACGTG + 12646284 12646291 AT2G29560.1

AtREG541 CGCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CGCACGTG + 12646330 12646337 AT2G29560.1

AtREG541 CGCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CTTATTGGGCCTAAAATGGGCTTTTA + 12646346 12646371 AT2G29560.1

AtREG611 CTTATTGG                   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360       GGGCCTAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430        GGCCTAAA            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG386              AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372               AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376                 TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409                  GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549                   GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTATTGG + 12646487 12646494 AT2G29560.1

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TGAACCGGA + 12646499 12646507 AT2G29560.1

AtREG480 TGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGAACCGGA + 12646511 12646519 AT2G29560.1

AtREG480 TGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif