version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G29560.1

Summary of Gene (AT2G29560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G29560  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G29560.1  
Description enolase, putative; FUNCTIONS IN: phosphopyruvate hydratase activity; INVOLVED IN: glycolysis; LOCATED IN: phosphopyruvate hydratase complex; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Enolase (InterPro:IPR000941); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LOS2; copper ion binding / phosphopyruvate hydratase (TAIR:AT2G36530.1); Has 9375 Blast hits to 9353 proteins in 2216 species: Archae - 179; Bacteria - 3114; Metazoa - 1311; Fungi - 220; Plants - 152; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4399 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12645635-12646834)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G29560.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence














 
AT2G29550.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence














 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G29560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+12646560-75

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+12646589-46

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGCACGTG+1264628412646291-351-344
 AtREG541CGCACGTG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGCGCACGTG+1264633012646337-305-298
 AtREG541CGCACGTG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGCTTATTGGGCCTAAAATGGGCTTTTA+1264634612646371-289-264
 AtREG611CTTATTGG                   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG417 TTATTGGG                  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355  TATTGGGC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352   ATTGGGCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356    TTGGGCCT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358     TGGGCCTA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360      GGGCCTAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG430       GGCCTAAA            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG386             AAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372              AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378               ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376                TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409                 GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549                  GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTTATTGG+1264648712646494-148-141
 AtREG611CTTATTGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGAACCGGA+1264649912646507-136-128
 AtREG480TGAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 GAACCGGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTGAACCGGA+1264651112646519-124-116
 AtREG480TGAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 GAACCGGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-12646035AT2G29550.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-12646067AT2G29550.1
TSS cloneCclone-12646038AT2G29550.1
TSS cloneAclone-12646037AT2G29550.1
TSS cloneTclone-12646036AT2G29550.1
TSS cloneAclone-12646035AT2G29550.1
TSS cloneCclone-12646003AT2G29550.1
TSS cloneAclone-12645963AT2G29550.1
TSS cloneAclone-12645939AT2G29550.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTCTTTATAAATG-1264606212646073AT2G29550.1
Y PatchCTTCTCCTTTC-1264600512646015AT2G29550.1
Y PatchTCCTCTCT-1264601712646024AT2G29550.1
Y PatchCCTCCTCTTCTTCTCTCTCTCAT-1264603612646058AT2G29550.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGTTAAA-1264608312646090AT2G29550.1
 AtREG610CCGTTAAA PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCTAAACCGT-1264612012646128AT2G29550.1
 AtREG511CTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTACGTGGCAT-1264613212646141AT2G29550.1
 AtREG413TACGTGGC   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG448  CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGCTTAATGG-1264624712646254AT2G29550.1
 AtREG604CTTAATGG PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
REGCACGTGCG-1264628412646291AT2G29550.1
 AtREG541CACGTGCG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.