PlantPromoterDB promoter information of AT2G31490.1

Summary of Gene (AT2G31490.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G31490 TAIR NCBI
Gene model	AT2G31490.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: photorespiration; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial membrane, respiratory chain complex I; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 31 Blast hits to 31 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 31; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13411060-13412259)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G31490.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G31490.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 30 + 13411987 -73

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	30	+	13411987	-73

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 13411967 -93

TSS clone A clone + 13411984 -76

TSS clone A clone + 13411987 -73

TSS clone C clone + 13411988 -72

TSS clone T clone + 13411991 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	13411967	-93
TSS clone	`A`	clone	+	13411984	-76
TSS clone	`A`	clone	+	13411987	-73
TSS clone	`C`	clone	+	13411988	-72
TSS clone	`T`	clone	+	13411991	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTGGGCCTTT + 13411856 13411866 -204 -194

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTTGGGCCTTT + 13411877 13411887 -183 -173

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAATGGGCTTATGGGCTTA + 13411890 13411909 -170 -151

AtREG443 TAAATGGG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTTATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTATGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462      GGGCTTAT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG394          TTATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477           TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTGGGCCTTT`		+	13411856	13411866	-204	-194
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTTGGGCCTTT`		+	13411877	13411887	-183	-173
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TAAATGGGCTTATGGGCTTA`		+	13411890	13411909	-170	-151
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTTATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTATGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTTCT - 13411244 13411251 AT2G31480.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTTCT`	-	13411244	13411251	AT2G31480.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None