PlantPromoterDB promoter information of AT2G31810.2

Summary of Gene (AT2G31810.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G31810 TAIR NCBI
Gene model	AT2G31810.2
Description	acetolactate synthase small subunit, putative; FUNCTIONS IN: acetolactate synthase activity, amino acid binding; INVOLVED IN: branched chain family amino acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Acetolactate synthase, small subunit (InterPro:IPR004789), Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acetolactate synthase small subunit, putative (TAIR:AT5G16290.2); Has 8371 Blast hits to 4290 proteins in 1102 species: Archae - 146; Bacteria - 3993; Metazoa - 0; Fungi - 172; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4006 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13523419-13524618)

`Genome position from initiation codon` `AT2G31810.1 AT2G31810.3 TSS from cDNA TSS information AT2G31810.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G31800.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G31810.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 + 13524223 -196

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	+	13524223	-196

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 13524221 -198

TSS clone T clone + 13524224 -195

TSS clone C clone + 13524225 -194

TSS clone T clone + 13524227 -192

TSS clone G clone + 13524240 -179

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	13524221	-198
TSS clone	`T`	clone	+	13524224	-195
TSS clone	`C`	clone	+	13524225	-194
TSS clone	`T`	clone	+	13524227	-192
TSS clone	`G`	clone	+	13524240	-179

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATATAC + 13524189 13524197 -230 -222

Y Patch TCTTCTTC + 13524231 13524238 -188 -181

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATATAC`	+	13524189	13524197	-230	-222
Y Patch	`TCTTCTTC`	+	13524231	13524238	-188	-181
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCTGACGTGT + 13524077 13524086 -342 -333

AtREG515 GCTGACGT   SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTTTGGGCTTTT + 13524108 13524119 -311 -300

AtREG529 TTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAAGCC + 13524121 13524128 -298 -291

AtREG545 TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCGAACCGGAC + 13524151 13524163 -268 -256

AtREG556 AACCGAAC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456   CCGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423    CGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579     GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573      AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCTGACGTGT`		+	13524077	13524086	-342	-333
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTTTGGGCTTTT`		+	13524108	13524119	-311	-300
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGCC`		+	13524121	13524128	-298	-291
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCGAACCGGAC`		+	13524151	13524163	-268	-256
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 13523720 AT2G31800.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	13523720	AT2G31800.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 13523759 AT2G31800.1

TSS clone A clone - 13523723 AT2G31800.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	13523759	AT2G31800.1
TSS clone	`A`	clone	-	13523723	AT2G31800.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA - 13523841 13523848 AT2G31800.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAGTCAA - 13523852 13523859 AT2G31800.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC