PlantPromoterDB promoter information of AT2G32060.3

Summary of Gene (AT2G32060.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G32060 TAIR NCBI
Gene model	AT2G32060.3
Description	40S ribosomal protein S12 (RPS12C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S12e (InterPro:IPR000530), Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 (InterPro:IPR004038); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40S ribosomal protein S12 (RPS12A) (TAIR:AT1G15930.2); Has 682 Blast hits to 682 proteins in 239 species: Archae - 118; Bacteria - 0; Metazoa - 255; Fungi - 114; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 132 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13641104-13639905)

`Genome position from initiation codon` `AT2G32060.1 AT2G32060.2 AT2G32070.1 TSS from cDNA TSS information AT2G32060.3 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G32060.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 77 - 13640336 -232

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	77	-	13640336	-232

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 13640340 -236

TSS clone G clone - 13640336 -232

TSS clone T clone - 13640335 -231

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	13640340	-236
TSS clone	`G`	clone	-	13640336	-232
TSS clone	`T`	clone	-	13640335	-231

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATAAC - 13640361 13640370 -257 -266

Y Patch CCTCTCTCTCTTT - 13640317 13640329 -213 -225

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATAAC`	-	13640361	13640370	-257	-266
Y Patch	`CCTCTCTCTCTTT`	-	13640317	13640329	-213	-225
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGGCCCAGTAAAGCCCATTAA - 13640433 13640454 -329 -350

AtREG437 ATGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384   GGCCCAGT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG434    GCCCAGTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG365          TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376           AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372             AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357              GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396               CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG AAACGACAGCGTTT - 13640481 13640494 -377 -390

AtREG569 AAACGACA       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG626       CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GGCCTATT - 13640596 13640603 -492 -499

AtREG424 GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGGCCCAGTAAAGCCCATTAA`		-	13640433	13640454	-329	-350
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG434	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`AAACGACAGCGTTT`		-	13640481	13640494	-377	-390
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GGCCTATT`		-	13640596	13640603	-492	-499
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None