PlantPromoterDB promoter information of AT2G32190

Summary of Gene (AT2G32190)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G32190 TAIR NCBI
Gene model	AT2G32190
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G32210.1); Has 138 Blast hits to 138 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 12; Plants - 126; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13673588-13674787)

`Genome position from initiation codon` `AT2G32190.1 AT2G32190.2 TSS from cDNA TSS information AT2G32190 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G32190

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 13674522 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	13674522	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 13674523 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	13674523	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTATATATACATATATCT + 13674485 13674503 -103 -85

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTATATATACATATATCT`	+	13674485	13674503	-103	-85
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGTCGTT + 13674397 13674404 -191 -184

AtREG648 TCGTCGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TCACGCGGTT + 13674443 13674452 -145 -136

AtREG502 TCACGCGG Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG441 ACGCGGTT Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAAACCGA + 13674456 13674464 -132 -124

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGTCGTT`		+	13674397	13674404	-191	-184
	AtREG648	`TCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCACGCGGTT`		+	13674443	13674452	-145	-136
	AtREG502	`TCACGCGG`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG441	`ACGCGGTT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAAACCGA`		+	13674456	13674464	-132	-124
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None