PlantPromoterDB promoter information of AT2G32800

Summary of Gene (AT2G32800)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G32800 TAIR NCBI
Gene model	AT2G32800
Description	AP4.3A; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein tyrosine kinase activity, protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine protein kinase (InterPro:IPR002290), Tyrosine protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lectin protein kinase, putative (TAIR:AT3G53810.1); Has 111168 Blast hits to 73136 proteins in 2997 species: Archae - 51; Bacteria - 9911; Metazoa - 45746; Fungi - 7567; Plants - 30942; Viruses - 390; Other Eukaryotes - 16561 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13915478-13916677)

`Genome position from initiation codon` `AT2G32800.1 TSS from cDNA TSS information AT2G32800 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G32800

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 13916452 -26

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	13916452	-26

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 13916452 -26

TSS clone C clone + 13916453 -25

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	13916452	-26
TSS clone	`C`	clone	+	13916453	-25

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTTATAAAGC + 13916418 13916427 -60 -51

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTTATAAAGC`	+	13916418	13916427	-60	-51
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCAT + 13916179 13916188 -299 -290

AtREG504 CATGGGCC PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437 TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAAGGGGT + 13916219 13916226 -259 -252

AtREG636 TAAGGGGT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCAT`		+	13916179	13916188	-299	-290
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TAAGGGGT`		+	13916219	13916226	-259	-252
	AtREG636	`TAAGGGGT`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None