PlantPromoterDB promoter information of AT2G32950.1

Summary of Gene (AT2G32950.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G32950 TAIR NCBI
Gene model	AT2G32950.1
Description	Represses photomorphogenesis and induces skotomorphogenesis in the dark. Contains a ring finger zinc-binding motif, a coiled-coil domain, and several WD-40 repeats, similar to G-beta proteins. The C-terminus has homology to TAFII80, a subunit of the TFIID component of the RNA polymerase II of Drosophila. Nuclear localization in the dark and cytoplasmic in the light.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 13977000-13978199)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G32950.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G32940.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G32950.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 13977942 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	13977942	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 13977942 -58

TSS clone A clone + 13977944 -56

TSS clone A clone + 13977945 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	13977942	-58
TSS clone	`A`	clone	+	13977944	-56
TSS clone	`A`	clone	+	13977945	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTCCTTC + 13977898 13977907 -102 -93

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTCCTTC`	+	13977898	13977907	-102	-93
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCGGAC + 13977741 13977751 -259 -249

AtREG640 TTGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573    AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAACCGT + 13977773 13977781 -227 -219

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACACGCGC + 13977807 13977814 -193 -186

AtREG385 ACACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

REG AAGCGCGT + 13977821 13977828 -179 -172

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCGGAC`		+	13977741	13977751	-259	-249
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTAAACCGT`		+	13977773	13977781	-227	-219
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG652	`TAAACCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACACGCGC`		+	13977807	13977814	-193	-186
	AtREG385	`ACACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`AAGCGCGT`		+	13977821	13977828	-179	-172
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None