PlantPromoterDB promoter information of AT2G33220.1

Summary of Gene (AT2G33220.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G33220 TAIR NCBI
Gene model	AT2G33220.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: photorespiration; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial membrane, plastid, respiratory chain complex I; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GRIM-19 (InterPro:IPR009346); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MEE4 (maternal effect embryo arrest 4) (TAIR:AT1G04630.1); Has 226 Blast hits to 226 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 125; Fungi - 53; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14077974-14079173)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G33220.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G33210.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G33220.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 23 + 14078908 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	23	+	14078908	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 14078871 -103

TSS clone A clone + 14078879 -95

TSS clone T clone + 14078880 -94

TSS clone T clone + 14078885 -89

TSS clone A clone + 14078896 -78

TSS clone T clone + 14078900 -74

TSS clone G clone + 14078909 -65

TSS clone A clone + 14078911 -63

TSS clone C clone + 14078914 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	14078871	-103
TSS clone	`A`	clone	+	14078879	-95
TSS clone	`T`	clone	+	14078880	-94
TSS clone	`T`	clone	+	14078885	-89
TSS clone	`A`	clone	+	14078896	-78
TSS clone	`T`	clone	+	14078900	-74
TSS clone	`G`	clone	+	14078909	-65
TSS clone	`A`	clone	+	14078911	-63
TSS clone	`C`	clone	+	14078914	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTC + 14078900 14078907 -74 -67

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTC`	+	14078900	14078907	-74	-67
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCGGTTTT + 14078763 14078771 -211 -203

AtREG521 TCCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542 CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATCCGGTTCG + 14078774 14078783 -200 -191

AtREG561 ATCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423   CCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTGACCCGGT + 14078787 14078797 -187 -177

AtREG592 TTTGACCC    PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG463    GACCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

REG ATATGGGCCTTTTAAAGCCCA + 14078807 14078827 -167 -147

AtREG432 ATATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459      GGCCTTTT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545            TTAAAGCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365             TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376              AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCGGTTTT`		+	14078763	14078771	-211	-203
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATCCGGTTCG`		+	14078774	14078783	-200	-191
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTGACCCGGT`		+	14078787	14078797	-187	-177
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTTTTAAAGCCCA`		+	14078807	14078827	-167	-147
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 14078730 AT2G33210.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	14078730	AT2G33210.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None