PlantPromoterDB promoter information of AT2G33370.1

Summary of Gene (AT2G33370.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G33370 TAIR NCBI
Gene model	AT2G33370.1
Description	60S ribosomal protein L23 (RPL23B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L14b/L23e (InterPro:IPR000218); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: emb2171 (embryo defective 2171); structural constituent of ribosome (TAIR:AT3G04400.1); Has 6297 Blast hits to 6297 proteins in 1833 species: Archae - 236; Bacteria - 2977; Metazoa - 280; Fungi - 176; Plants - 586; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2042 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14145644-14144445)

`Genome position from initiation codon` `AT2G33380.1 AT2G33380.2 TSS from cDNA TSS information AT2G33370.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G33370.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 14144672 -28

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	14144672	-28

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 14144699 -55

TSS clone C clone - 14144694 -50

TSS clone A clone - 14144689 -45

TSS clone T clone - 14144688 -44

TSS clone G clone - 14144685 -41

TSS clone C clone - 14144681 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	14144699	-55
TSS clone	`C`	clone	-	14144694	-50
TSS clone	`A`	clone	-	14144689	-45
TSS clone	`T`	clone	-	14144688	-44
TSS clone	`G`	clone	-	14144685	-41
TSS clone	`C`	clone	-	14144681	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTCCTTC - 14144704 14144717 -60 -73

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTCCTTC`	-	14144704	14144717	-60	-73
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCTAAAAGGCCTTTT - 14144739 14144759 -95 -115

AtREG504 CATGGGCC              PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360    GGGCCTAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430     GGCCTAAA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459          AAAAGGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATGGGCTA - 14144761 14144768 -117 -124

AtREG581 ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCTAAAAGGCCTTTT`		-	14144739	14144759	-95	-115
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG459	`AAAAGGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATGGGCTA`		-	14144761	14144768	-117	-124
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None