PlantPromoterDB promoter information of AT2G33480

Summary of Gene (AT2G33480)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G33480 TAIR NCBI
Gene model	AT2G33480
Description	Arabidopsis NAC domain containing protein 41 (ANAC041); FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: multicellular organismal development, regulation of transcription; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ANAC083 (ARABIDOPSIS NAC DOMAIN CONTAINING PROTEIN 83); transcription factor (TAIR:AT5G13180.1); Has 1670 Blast hits to 1660 proteins in 66 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 39; Fungi - 2; Plants - 1622; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14180275-14181474)

`Genome position from initiation codon` `AT2G33480.1 AT2G33480.2 TSS from cDNA TSS information AT2G33480 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G33480

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 14181239 -36

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	14181239	-36

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 14181014 -261

TSS clone T clone + 14181186 -89

TSS clone A clone + 14181218 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	14181014	-261
TSS clone	`T`	clone	+	14181186	-89
TSS clone	`A`	clone	+	14181218	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCAT + 14181223 14181230 -52 -45

Y Patch CGTCTCTCTTTCT + 14181238 14181250 -37 -25

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCAT`	+	14181223	14181230	-52	-45
Y Patch	`CGTCTCTCTTTCT`	+	14181238	14181250	-37	-25
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATACCCT + 14181077 14181084 -198 -191

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG CCCATTAT + 14181170 14181177 -105 -98

AtREG546 CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATACCCT`		+	14181077	14181084	-198	-191
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`CCCATTAT`		+	14181170	14181177	-105	-98
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None