PlantPromoterDB promoter information of AT2G34040.2

Summary of Gene (AT2G34040.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G34040 TAIR NCBI
Gene model	AT2G34040.2
Description	apoptosis inhibitory 5 (API5) family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: anti-apoptosis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Apoptosis inhibitory 5 (InterPro:IPR008383), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: apoptosis inhibitory 5 (API5) family protein (TAIR:AT1G29030.1); Has 245 Blast hits to 233 proteins in 69 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 145; Fungi - 14; Plants - 56; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14383246-14382047)

`Genome position from initiation codon` `AT2G34040.1 AT2G34050.1 TSS from cDNA TSS information AT2G34040.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34040.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 14382465 -219

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	14382465	-219

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14382494 -248

TSS clone A clone - 14382469 -223

TSS clone A clone - 14382468 -222

TSS clone A clone - 14382464 -218

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14382494	-248
TSS clone	`A`	clone	-	14382469	-223
TSS clone	`A`	clone	-	14382468	-222
TSS clone	`A`	clone	-	14382464	-218

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC - 14382416 14382423 -170 -177

Y Patch TCTTCTTCTTC - 14382475 14382485 -229 -239

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	-	14382416	14382423	-170	-177
Y Patch	`TCTTCTTCTTC`	-	14382475	14382485	-229	-239
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGAACCGGCGTCGTTTT - 14382524 14382540 -278 -294

AtREG480 TGAACCGG          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG637 GAACCGGC         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG537       GGCGTCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439        GCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415         CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520          GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGAACCGGCGTCGTTTT`		-	14382524	14382540	-278	-294
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG637	`GAACCGGC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG537	`GGCGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`GCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None