version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G34430

Summary of Gene (AT2G34430)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G34430  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G34430  
Description Photosystem II type I chlorophyll a/b-binding protein  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14522918-14524117)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G34430                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G34420.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34430

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA461+14524756-62

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+14524746-72
TSS cloneGclone+14524753-65
TSS cloneCclone+14524754-64
TSS cloneAclone+14524756-62
TSS cloneTclone+14524757-61
TSS cloneCclone+14524758-60
TSS cloneAclone+14524760-58
TSS cloneAclone+14524761-57

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTTATAAATA+1452472014524729-98-89
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACACGTCAG+1452448314524491-335-327
 AtREG517ACACGTCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG440 CACGTCAGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2484-14523564AT2G34420.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-14523568AT2G34420.1
TSS cloneAclone-14523567AT2G34420.1
TSS cloneTclone-14523566AT2G34420.1
TSS cloneCclone-14523565AT2G34420.1
TSS cloneAclone-14523564AT2G34420.1
TSS cloneCclone-14523563AT2G34420.1
TSS cloneTclone-14523562AT2G34420.1
TSS cloneCclone-14523557AT2G34420.1
TSS cloneCclone-14523556AT2G34420.1
TSS cloneAclone-14523555AT2G34420.1
TSS cloneGclone-14523554AT2G34420.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTGCTATAAAG-1452359314523603AT2G34420.1
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.