version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G34430

Summary of Gene (AT2G34430)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G34430  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G34430  
Description Photosystem II type I chlorophyll a/b-binding protein  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14528668-14529867)

Genome position     
from initiation codon
AT2G34460.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G34430                        5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT2G34450.1         
AT2G34450.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34430

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA461+14524756-62

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+14524746-72
TSS cloneGclone+14524753-65
TSS cloneCclone+14524754-64
TSS cloneAclone+14524756-62
TSS cloneTclone+14524757-61
TSS cloneCclone+14524758-60
TSS cloneAclone+14524760-58
TSS cloneAclone+14524761-57

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTTATAAATA+1452472014524729-98-89
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACACGTCAG+1452448314524491-335-327
 AtREG517ACACGTCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG440 CACGTCAGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA21+14529627AT2G34460.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+14529622AT2G34460.1
TSS cloneGclone+14529624AT2G34460.1
TSS cloneTclone+14529632AT2G34460.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAAGCC+1452933714529344AT2G34460.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCAAAGGCCC+1452941614529424AT2G34460.1
 AtREG656CAAAGGCC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCGTCATTT+1452944314529450AT2G34460.1
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTGCCACGTGGCGT+1452953914529552AT2G34460.1
 AtREG452TTGCCACG       PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG371     ACGTGGCG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG508      CGTGGCGT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.