version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G34440.1

Summary of Gene (AT2G34440.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G34440  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G34440.1  
Description AGAMOUS-LIKE 29 (AGL29); FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGL91; transcription factor (TAIR:AT3G66656.1); Has 4299 Blast hits to 4298 proteins in 558 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 549; Fungi - 208; Plants - 3488; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14528800-14529999)

Genome position     
from initiation codon
AT2G34460.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G34440.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT2G34450.1         
AT2G34450.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34440.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA21+14529627AT2G34460.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+14529622AT2G34460.1
TSS cloneGclone+14529624AT2G34460.1
TSS cloneTclone+14529632AT2G34460.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAAGCC+1452933714529344AT2G34460.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCAAAGGCCC+1452941614529424AT2G34460.1
 AtREG656CAAAGGCC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCGTCATTT+1452944314529450AT2G34460.1
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTGCCACGTGGCGT+1452953914529552AT2G34460.1
 AtREG452TTGCCACG       PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT     ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG371     ACGTGGCG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG508      CGTGGCGT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.