PlantPromoterDB promoter information of AT2G34490

Summary of Gene (AT2G34490)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G34490 TAIR NCBI
Gene model	AT2G34490
Description	Encodes a protein with C22-sterol desaturase activity. The enzyme was shown to catalyze the conversion of both 24-<i>epi</i>-campesterol and β-sitosterol to brassicasterol and stigmasterol, respectively, in the presence of NADPH.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14530723-14529524)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G34490 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G34460.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34490

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 33 - 14537432 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	33	-	14537432	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14537428 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14537428	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCCTTATATATT - 14537457 14537468 -84 -95

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCCTTATATATT`	-	14537457	14537468	-84	-95
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAGGCCC - 14537484 14537491 -111 -118

AtREG619 CCAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAGGCCC`		-	14537484	14537491	-111	-118
	AtREG619	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 21 + 14529627 AT2G34460.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	21	+	14529627	AT2G34460.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 14529622 AT2G34460.1

TSS clone G clone + 14529624 AT2G34460.1

TSS clone T clone + 14529632 AT2G34460.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	14529622	AT2G34460.1
TSS clone	`G`	clone	+	14529624	AT2G34460.1
TSS clone	`T`	clone	+	14529632	AT2G34460.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCCTTAC - 14530430 14530437 AT2G34450.1, AT2G34450.2

AtREG530 GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTGCCACGTGGCGT + 14529539 14529552 AT2G34460.1

AtREG452 TTGCCACG       PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367   GCCACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG371      ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG508       CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC