version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G34490

Summary of Gene (AT2G34490)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G34490  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G34490  
Description Encodes a protein with C22-sterol desaturase activity. The enzyme was shown to catalyze the conversion of both 24-<i>epi</i>-campesterol and &beta;-sitosterol to brassicasterol and stigmasterol, respectively, in the presence of NADPH.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14534923-14533724)

Genome position     
from initiation codon
AT2G34480.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G34490                        5'->3' (-)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34490

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA33-14537432-59

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-14537428-55

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCCTTATATATT-1453745714537468-84-95
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCAGGCCC-1453748414537491-111-118
 AtREG619CCAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG166-14534201AT2G34480.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-14534206AT2G34480.1
TSS cloneGclone-14534201AT2G34480.1
TSS cloneGclone-14534200AT2G34480.1
TSS cloneTclone-14534199AT2G34480.1
TSS cloneTclone-14534198AT2G34480.1
TSS cloneGclone-14534197AT2G34480.1
TSS cloneAclone-14534196AT2G34480.1
TSS cloneCclone-14534189AT2G34480.1
TSS cloneTclone-14534179AT2G34480.1
TSS cloneTclone-14534177AT2G34480.1
TSS cloneTclone-14534175AT2G34480.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATAAAGA-1453422714534236AT2G34480.1
Y PatchTCTCTCTCC-1453417114534179AT2G34480.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTTTGGGC-1453424614534253AT2G34480.1
 AtREG529TTTTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGCCCATTGGGCTTTTA-1453427814534294AT2G34480.1
 AtREG372AGCCCATT          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG551 GCCCATTG         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG461    CATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402     ATTGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407      TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376       TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409        GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549         GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGGGCTAA-1453431314534320AT2G34480.1
 AtREG571TGGGCTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.