PlantPromoterDB promoter information of AT2G34490

Summary of Gene (AT2G34490)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G34490 TAIR NCBI
Gene model	AT2G34490
Description	Encodes a protein with C22-sterol desaturase activity. The enzyme was shown to catalyze the conversion of both 24-<i>epi</i>-campesterol and β-sitosterol to brassicasterol and stigmasterol, respectively, in the presence of NADPH.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14548973-14547774)

`Genome position from initiation codon` `AT2G34520.1 AT2G34530.1 TSS from cDNA TSS information AT2G34490 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34490

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 33 - 14537432 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	33	-	14537432	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14537428 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14537428	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCCTTATATATT - 14537457 14537468 -84 -95

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCCTTATATATT`	-	14537457	14537468	-84	-95
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAGGCCC - 14537484 14537491 -111 -118

AtREG619 CCAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAGGCCC`		-	14537484	14537491	-111	-118
	AtREG619	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 14548732 AT2G34520.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	14548732	AT2G34520.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 14548757 AT2G34520.1

TSS clone A clone - 14548756 AT2G34520.1

TSS clone T clone - 14548739 AT2G34520.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	14548757	AT2G34520.1
TSS clone	`A`	clone	-	14548756	AT2G34520.1
TSS clone	`T`	clone	-	14548739	AT2G34520.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTC - 14548759 14548768 AT2G34520.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTC`	-	14548759	14548768	AT2G34520.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAGGCCCAAT - 14548808 14548819 AT2G34520.1

AtREG459 AAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAGTGGGCCGAT - 14548830 14548841 AT2G34520.1

AtREG532 TAGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG393    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555     GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TCAAAACG - 14548897 14548904 AT2G34520.1

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif