PlantPromoterDB promoter information of AT2G34740.1

Summary of Gene (AT2G34740.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G34740 TAIR NCBI
Gene model	AT2G34740.1
Description	catalytic/ protein serine/threonine phosphatase; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein phosphatase 2C, putative / PP2C, putative (TAIR:AT4G28400.1); Has 5333 Blast hits to 5320 proteins in 675 species: Archae - 7; Bacteria - 1029; Metazoa - 1363; Fungi - 524; Plants - 1327; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 1072 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14657730-14658929)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G34740.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G34740.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 14658707 -23

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	14658707	-23

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCTTC + 14658671 14658681 -59 -49

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCTTC`	+	14658671	14658681	-59	-49
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGGTTTAGATAAACCGAA + 14658484 14658502 -246 -228

AtREG652 ACGGTTTA            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598          ATAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514           TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568            AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GCTGACGTGTCG + 14658587 14658598 -143 -132

AtREG515 GCTGACGT     SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG481    GACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG478     ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG CCAATAAG + 14658621 14658628 -109 -102

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGGTTTAGATAAACCGAA`		+	14658484	14658502	-246	-228
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GCTGACGTGTCG`		+	14658587	14658598	-143	-132
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG481	`GACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`CCAATAAG`		+	14658621	14658628	-109	-102
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None