PlantPromoterDB promoter information of AT2G35320.1

Summary of Gene (AT2G35320.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G35320 TAIR NCBI
Gene model	AT2G35320.1
Description	homologue of the animal Eyes Absent genes. encodes a tyrosine-specific phosphatase. the protein sequence lacks the cys-containing signature of the classical tyrosine phosphatases. belongs to the aspartate-based phosphatases. The enzyme activity is strictly metal-dependent.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14869387-14868188)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G35320.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G35330.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G35320.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 14868817 -430

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	14868817	-430

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14868834 -447

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14868834	-447

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAACGACGCC - 14868877 14868887 -490 -500

AtREG565 TAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439   AACGACGC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537    ACGACGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAATGGGCCTTTAATTGGGCCGA - 14868902 14868925 -515 -538

AtREG546 ATAATGGG                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467       GGCCTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639        GCCTTTAA          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG600             TAATTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG418              AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352               ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414                TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393                 TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAACGACGCC`		-	14868877	14868887	-490	-500
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`AACGACGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`ACGACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAATGGGCCTTTAATTGGGCCGA`		-	14868902	14868925	-515	-538
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 14868990 AT2G35330.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	14868990	AT2G35330.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None