PlantPromoterDB promoter information of AT2G35860

Summary of Gene (AT2G35860)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G35860 TAIR NCBI
Gene model	AT2G35860
Description	FASCICLIN-LIKE ARABINOGALACTAN PROTEIN 16 PRECURSOR (FLA16); INVOLVED IN: cell adhesion; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FLA15 (FASCICLIN-LIKE ARABINOGALACTAN PROTEIN 15 PRECURSOR) (TAIR:AT3G52370.1); Has 780 Blast hits to 747 proteins in 193 species: Archae - 12; Bacteria - 332; Metazoa - 140; Fungi - 32; Plants - 132; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 131 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15058859-15060058)

`Genome position from initiation codon` `AT2G35860.1 TSS from cDNA TSS information AT2G35860 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G35860

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 15059813 -46

TSS peak G 13 + 15059816 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	15059813	-46
TSS peak	`G`	13	+	15059816	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 15059738 -121

TSS clone C clone + 15059792 -67

TSS clone A clone + 15059813 -46

TSS clone T clone + 15059814 -45

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	15059738	-121
TSS clone	`C`	clone	+	15059792	-67
TSS clone	`A`	clone	+	15059813	-46
TSS clone	`T`	clone	+	15059814	-45

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCTTCTTC + 15059764 15059776 -95 -83

Y Patch CTTTCTTC + 15059805 15059812 -54 -47

Y Patch CCCTCTCTCTCTCTCTCTCC + 15059833 15059852 -26 -7

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCTTCTTC`	+	15059764	15059776	-95	-83
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	15059805	15059812	-54	-47
Y Patch	`CCCTCTCTCTCTCTCTCTCC`	+	15059833	15059852	-26	-7
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACCCTTA + 15059649 15059656 -210 -203

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACCCTTA`		+	15059649	15059656	-210	-203
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None