PlantPromoterDB promoter information of AT2G36230.1

Summary of Gene (AT2G36230.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G36230 TAIR NCBI
Gene model	AT2G36230.1
Description	Encodes a BBMII isomerase involved in histidine biosynthesis.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15196509-15195310)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G36230.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G36240.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G36230.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 15195531 -22

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	15195531	-22

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 15195534 -25

TSS clone C clone - 15195533 -24

TSS clone A clone - 15195530 -21

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	15195534	-25
TSS clone	`C`	clone	-	15195533	-24
TSS clone	`A`	clone	-	15195530	-21

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAAACCGGAATAAACCGA - 15195581 15195599 -72 -90

AtREG550 CCAAACCG            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CAAACCGG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534    AACCGGAA         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598           ATAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514            TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGTTGGGC - 15195625 15195632 -116 -123

AtREG543 TGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAAACCGGAATAAACCGA`		-	15195581	15195599	-72	-90
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TGTTGGGC`		-	15195625	15195632	-116	-123
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 15195651 AT2G36240.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	15195651	AT2G36240.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 15195653 AT2G36240.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	15195653	AT2G36240.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAATTGGG + 15195486 15195493 AT2G36240.1

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTAGGGT + 15195566 15195573 AT2G36240.1

AtREG658 TCTAGGGT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TCGGTTTATTCCGGTTTGG + 15195581 15195599 AT2G36240.1

AtREG514 TCGGTTTA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598 CGGTTTAT           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534         TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521          TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496           CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550            CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif