version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G36240.1

Summary of Gene (AT2G36240.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G36240  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G36240.1  
Description FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein (TAIR:AT1G09900.1); Has 18740 Blast hits to 5421 proteins in 159 species: Archae - 3; Bacteria - 12; Metazoa - 272; Fungi - 258; Plants - 17650; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 543 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15194663-15195862)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G36240.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
AT2G36230.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G36240.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+15195651-12

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+15195653-10

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAATTGGG+1519548615195493-177-170
 AtREG600TAATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCTAGGGT+1519556615195573-97-90
 AtREG658TCTAGGGT PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGTCGGTTTATTCCGGTTTGG+1519558115195599-82-64
 AtREG514TCGGTTTA            PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598 CGGTTTAT           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534        TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521         TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496          CCGGTTTG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG550           CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8-15195531AT2G36230.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-15195534AT2G36230.1
TSS cloneCclone-15195533AT2G36230.1
TSS cloneAclone-15195530AT2G36230.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCAAACCGGAATAAACCGA-1519558115195599AT2G36230.1
 AtREG550CCAAACCG            PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496 CAAACCGG           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA          PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598          ATAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514           TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTGTTGGGC-1519562515195632AT2G36230.1
 AtREG543TGTTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.