version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G36881.1

Summary of Gene (AT2G36881.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G36881  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G36881.1  
Description unknown protein; Has 0 Blast hits to 0 proteins in 0 species (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15482703-15481504)

Genome position     
from initiation codon
AT2G36885.1         
AT2G36885.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G36881.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G36881.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCTCCT-1548171115481718-8-15
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGGTCGGGT-1548161715481627AT2G36880.1, AT2G36880.2
 AtREG494CCGGGTCG    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG375 CGGGTCGG   PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG442  GGGTCGGG  PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405   GGTCGGGT PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
REGTAATTACG-1548163815481645AT2G36880.1, AT2G36880.2
 AtREG646TAATTACGABA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATCCGGTTCGG-1548166215481672AT2G36880.1, AT2G36880.2
 AtREG561ATCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 TCCGGTTC   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423  CCGGTTCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG456   CGGTTCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.