PlantPromoterDB promoter information of AT2G36890.1

Summary of Gene (AT2G36890.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G36890 TAIR NCBI
Gene model	AT2G36890.1
Description	"Putative homolog of the Blind gene in tomato. Together with RAX1 and RAX3 belong to the class R2R3 MYB genes; encoded by the Myb-like transcription factor MYB38, regulates axillary meristem formation. "

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15483271-15484470)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G36890.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G36885.1 AT2G36885.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G36890.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 15485719 -102

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	15485719	-102

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCTCTTTC + 15485747 15485760 -74 -61

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCTCTTTC`	+	15485747	15485760	-74	-61
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 15483711 AT2G36885.1, AT2G36885.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	15483711	AT2G36885.1, AT2G36885.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 15483706 AT2G36885.1, AT2G36885.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	15483706	AT2G36885.1, AT2G36885.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTTCCC - 15483726 15483733 AT2G36885.1, AT2G36885.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTTCCC`	-	15483726	15483733	AT2G36885.1, AT2G36885.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGTCAC - 15483763 15483770 AT2G36885.1, AT2G36885.2

AtREG498 CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGGCAGCGTTTTA - 15483780 15483796 AT2G36885.1, AT2G36885.2

AtREG531 AAAACGGC          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564          GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GTCACGTGGG - 15483831 15483840 AT2G36885.1, AT2G36885.2

AtREG583 GTCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG464   CACGTGGG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG TGTTGGGCT - 15483930 15483938 AT2G36885.1, AT2G36885.2

AtREG543 TGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

REG TAAGGGTA - 15483949 15483956 AT2G36885.1, AT2G36885.2

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif