PlantPromoterDB promoter information of AT2G37340.1

Summary of Gene (AT2G37340.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G37340 TAIR NCBI
Gene model	AT2G37340.1
Description	encodes an RS-containing Zinc knuckle protein with molecular mass of 33kDa that is localized to nuclear specks.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15673331-15672132)

`Genome position from initiation codon` `AT2G37340.2 AT2G37340.3 TSS from cDNA TSS information AT2G37340.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G37340.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 - 15672665 -334

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	-	15672665	-334

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 15672687 -356

TSS clone C clone - 15672681 -350

TSS clone T clone - 15672680 -349

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	15672687	-356
TSS clone	`C`	clone	-	15672681	-350
TSS clone	`T`	clone	-	15672680	-349

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTC - 15672635 15672642 -304 -311

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTC`	-	15672635	15672642	-304	-311
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAGCCCATTTA - 15672728 15672739 -397 -408

AtREG476 GAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443     CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCATTT - 15672762 15672772 -431 -441

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTCGGTT - 15672779 15672786 -448 -455

AtREG641 AGTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG CCGTTGGAT - 15672789 15672797 -458 -466

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG ATAAGGCCCAACA - 15672887 15672899 -556 -568

AtREG425 ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449     GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543      GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG TAAATGGGCCTTAT - 15672904 15672917 -573 -586

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425       GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAGCCCATTTA`		-	15672728	15672739	-397	-408
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCATTT`		-	15672762	15672772	-431	-441
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTCGGTT`		-	15672779	15672786	-448	-455
	AtREG641	`AGTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`CCGTTGGAT`		-	15672789	15672797	-458	-466
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`ATAAGGCCCAACA`		-	15672887	15672899	-556	-568
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`TAAATGGGCCTTAT`		-	15672904	15672917	-573	-586
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 15672305 AT2G37340.2, AT2G37340.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	15672305	AT2G37340.2, AT2G37340.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGGCTTTTT - 15672446 15672454 AT2G37340.2, AT2G37340.3

AtREG409 GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif