PlantPromoterDB promoter information of AT2G37410.1

Summary of Gene (AT2G37410.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G37410 TAIR NCBI
Gene model	AT2G37410.1
Description	Mitochondrial inner membrane translocase. Together with AtTIM17-1, TIM17-2 has a long C-terminal extension not present in other TIMs. The extension is located in the outer membrane and so TIM17-2 links the inner and outer mitochondrial membranes. The C-terminal region is essential for protein import into mitochondria via the general import pathway but is not necessary for import via the carrier pathway.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 15699850-15698651)

`Genome position from initiation codon` `AT2G37410.2 TSS from cDNA TSS information AT2G37410.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G37410.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 15699239 -389

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	15699239	-389

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 15699271 -421

TSS clone C clone - 15699256 -406

TSS clone T clone - 15699250 -400

TSS clone C clone - 15699248 -398

TSS clone T clone - 15699247 -397

TSS clone A clone - 15699239 -389

TSS clone C clone - 15699234 -384

TSS clone C clone - 15699227 -377

TSS clone T clone - 15699225 -375

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	15699271	-421
TSS clone	`C`	clone	-	15699256	-406
TSS clone	`T`	clone	-	15699250	-400
TSS clone	`C`	clone	-	15699248	-398
TSS clone	`T`	clone	-	15699247	-397
TSS clone	`A`	clone	-	15699239	-389
TSS clone	`C`	clone	-	15699234	-384
TSS clone	`C`	clone	-	15699227	-377
TSS clone	`T`	clone	-	15699225	-375

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCTCTCTC - 15699205 15699218 -355 -368

Y Patch CCTCCTTC - 15699223 15699230 -373 -380

Y Patch CTTCCTTCTCTC - 15699244 15699255 -394 -405

Y Patch TTTCTTCTT - 15699260 15699268 -410 -418

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCTCTCTC`	-	15699205	15699218	-355	-368
Y Patch	`CCTCCTTC`	-	15699223	15699230	-373	-380
Y Patch	`CTTCCTTCTCTC`	-	15699244	15699255	-394	-405
Y Patch	`TTTCTTCTT`	-	15699260	15699268	-410	-418
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTTGGGC - 15699530 15699537 -680 -687

AtREG474 GTTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTTGGGC`		-	15699530	15699537	-680	-687
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None