PlantPromoterDB promoter information of AT2G38560.1

Summary of Gene (AT2G38560.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G38560 TAIR NCBI
Gene model	AT2G38560.1
Description	Encodes RNA polymerase II transcript elongation factor TFIIS. Complements yeast TFIIS mutation. Mutant plants display essentially normal development, but they flower slightly earlier than the wild type and show clearly reduced seed dormancy.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16133802-16135001)

`Genome position from initiation codon` `AT2G38550.1 TSS from cDNA TSS information AT2G38560.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G38560.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 16134639 -163

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	16134639	-163

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 16134639 -163

TSS clone T clone + 16134640 -162

TSS clone A clone + 16134641 -161

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	16134639	-163
TSS clone	`T`	clone	+	16134640	-162
TSS clone	`A`	clone	+	16134641	-161

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TATAAAAT + 16134607 16134614 -195 -188

Y Patch TCTTCTTC + 16134653 16134660 -149 -142

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TATAAAAT`	+	16134607	16134614	-195	-188
Y Patch	`TCTTCTTC`	+	16134653	16134660	-149	-142
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCGTTTA + 16134368 16134375 -434 -427

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGCCCATCA + 16134422 16134433 -380 -369

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635     GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCAATAAGGGCCTGG + 16134438 16134457 -364 -345

AtREG484 TTGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CCAATAAG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG616         ATAAGGGC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG619             GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TGAGCCCAA + 16134459 16134467 -343 -335

AtREG485 TGAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 GAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AGCCACGTG + 16134538 16134546 -264 -256

AtREG450 AGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367 GCCACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

REG CCAAACCG + 16134549 16134556 -253 -246

AtREG550 CCAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCGTTTA`		+	16134368	16134375	-434	-427
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAAGCCCATCA`		+	16134422	16134433	-380	-369
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGGCCCAATAAGGGCCTGG`		+	16134438	16134457	-364	-345
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG616	`ATAAGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TGAGCCCAA`		+	16134459	16134467	-343	-335
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AGCCACGTG`		+	16134538	16134546	-264	-256
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG367	`GCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
REG	`CCAAACCG`		+	16134549	16134556	-253	-246
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None