version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G38560.1

Summary of Gene (AT2G38560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G38560  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G38560.1  
Description Encodes RNA polymerase II transcript elongation factor TFIIS. Complements yeast TFIIS mutation. Mutant plants display essentially normal development, but they flower slightly earlier than the wild type and show clearly reduced seed dormancy.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16133802-16135001)

Genome position     
from initiation codon
AT2G38550.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G38560.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G38560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG17+16134639-163

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+16134639-163
TSS cloneTclone+16134640-162
TSS cloneAclone+16134641-161

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTATAAAAT+1613460716134614-195-188
Y PatchTCTTCTTC+1613465316134660-149-142
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTCGTTTA+1613436816134375-434-427
 AtREG565GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAAAGCCCATCA+1613442216134433-380-369
 AtREG409AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG635    GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTGGCCCAATAAGGGCCTGG+1613443816134457-364-345
 AtREG484TTGGCCCA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420 TGGCCCAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352  GGCCCAAT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417    CCCAATAA         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG611     CCAATAAG        PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG616        ATAAGGGC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG619            GGGCCTGG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTGAGCCCAA+1613445916134467-343-335
 AtREG485TGAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 GAGCCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAGCCACGTG+1613453816134546-264-256
 AtREG450AGCCACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367 GCCACGTGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
REGCCAAACCG+1613454916134556-253-246
 AtREG550CCAAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.