PlantPromoterDB promoter information of AT2G40010

Summary of Gene (AT2G40010)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G40010 TAIR NCBI
Gene model	AT2G40010
Description	60S acidic ribosomal protein P0 (RPP0A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translational elongation, translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813), Ribosomal protein L10 (InterPro:IPR001790); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S acidic ribosomal protein P0 (RPP0B) (TAIR:AT3G09200.1); Has 1215 Blast hits to 1213 proteins in 358 species: Archae - 223; Bacteria - 4; Metazoa - 421; Fungi - 185; Plants - 112; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 270 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16711448-16710249)

`Genome position from initiation codon` `AT2G40010.1 TSS from cDNA TSS information AT2G40010 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G40020.1 AT2G40020.2 AT2G40020.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G40010

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 16710638 -190

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	16710638	-190

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 16710977 AT2G40020.2, AT2G40020.1, AT2G40020.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	16710977	AT2G40020.2, AT2G40020.1, AT2G40020.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 16710979 AT2G40020.2, AT2G40020.1, AT2G40020.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	16710979	AT2G40020.2, AT2G40020.1, AT2G40020.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GATGGGCCAAT + 16710759 16710769 AT2G40020.1, AT2G40020.2, AT2G40020.3

AtREG403 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484   TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446    GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GCCCAACA + 16710773 16710780 AT2G40020.1, AT2G40020.2, AT2G40020.3

AtREG543 GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG CTATTGGGCTAA + 16710805 16710816 AT2G40020.1, AT2G40020.2, AT2G40020.3

AtREG624 CTATTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571     TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CAAGCCCAACT + 16710838 16710848 AT2G40020.1, AT2G40020.2, AT2G40020.3

AtREG525 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574   AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG607    GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCAATAAG + 16710894 16710901 AT2G40020.1, AT2G40020.2, AT2G40020.3

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif