PlantPromoterDB promoter information of AT2G40070.1

Summary of Gene (AT2G40070.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G40070 TAIR NCBI
Gene model	AT2G40070.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline-rich family protein (TAIR:AT3G09000.1); Has 94255 Blast hits to 49644 proteins in 1573 species: Archae - 225; Bacteria - 11215; Metazoa - 37735; Fungi - 21320; Plants - 3339; Viruses - 2662; Other Eukaryotes - 17759 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16732160-16730961)

`Genome position from initiation codon` `AT2G40070.2 TSS from cDNA TSS information AT2G40070.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G40070.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 16731545 -385

TSS peak G 2 - 16731344 -184

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	16731545	-385
TSS peak	`G`	2	-	16731344	-184

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 16731606 -446

TSS clone A clone - 16731605 -445

TSS clone G clone - 16731545 -385

TSS clone T clone - 16731543 -383

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	16731606	-446
TSS clone	`A`	clone	-	16731605	-445
TSS clone	`G`	clone	-	16731545	-385
TSS clone	`T`	clone	-	16731543	-383

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCT - 16731496 16731503 -336 -343

Y Patch TCTCTCTCTTTCTCT - 16731519 16731533 -359 -373

Y Patch TCTCTCTCCC - 16731548 16731557 -388 -397

Y Patch CTTTCTCTTTTCTCTCTCCC - 16731568 16731587 -408 -427

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCT`	-	16731496	16731503	-336	-343
Y Patch	`TCTCTCTCTTTCTCT`	-	16731519	16731533	-359	-373
Y Patch	`TCTCTCTCCC`	-	16731548	16731557	-388	-397
Y Patch	`CTTTCTCTTTTCTCTCTCCC`	-	16731568	16731587	-408	-427
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGTTGGGCT - 16731458 16731466 -298 -306

AtREG607 AGTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574 GTTGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

REG TTTAACCG - 16731632 16731639 -472 -479

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGTTGGGCT`		-	16731458	16731466	-298	-306
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTTAACCG`		-	16731632	16731639	-472	-479
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None