PlantPromoterDB promoter information of AT2G40110

Summary of Gene (AT2G40110)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G40110 TAIR NCBI
Gene model	AT2G40110
Description	yippee family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Yippee-like protein (InterPro:IPR004910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: yippee family protein (TAIR:AT3G11230.2); Has 697 Blast hits to 697 proteins in 148 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 401; Fungi - 131; Plants - 111; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 54 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16740359-16741558)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G40110 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G40090.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G40110

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 16747978 -181

TSS clone peak T clone + 16748026 -133

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	16747978	-181
TSS clone peak	`T`	clone	+	16748026	-133

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 16740366 AT2G40090.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	16740366	AT2G40090.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 16740365 AT2G40090.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	16740365	AT2G40090.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAGCCCAATAAGTAAGGCCCACA - 16740445 16740468 AT2G40090.1

AtREG525 CAAGCCCA                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CCAATAAG            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG530             GTAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351              TAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353               AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482                AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG612                 GGCCCACA DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY