PlantPromoterDB promoter information of AT2G40650.1

Summary of Gene (AT2G40650.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G40650 TAIR NCBI
Gene model	AT2G40650.1
Description	pre-mRNA splicing factor PRP38 family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PRP38 (InterPro:IPR005037); Has 67657 Blast hits to 21471 proteins in 814 species: Archae - 56; Bacteria - 20349; Metazoa - 26407; Fungi - 5687; Plants - 2913; Viruses - 323; Other Eukaryotes - 11922 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 16966596-16965397)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G40650.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G40660.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G40650.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 16965743 -147

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	16965743	-147

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 16965715 -119

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	16965715	-119

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TATGGGCTTTA - 16965801 16965811 -205 -215

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376   TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365    GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCATTAA - 16965823 16965832 -227 -236

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396   CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG ATAATGGGCCTAG - 16965843 16965855 -247 -259

AtREG546 ATAATGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG475      GGGCCTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AACGGCGT - 16965867 16965874 -271 -278

AtREG497 AACGGCGT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

REG CTAACGGT - 16965893 16965900 -297 -304

AtREG603 CTAACGGT PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TATGGGCTTTA`		-	16965801	16965811	-205	-215
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGCCCATTAA`		-	16965823	16965832	-227	-236
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`ATAATGGGCCTAG`		-	16965843	16965855	-247	-259
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG475	`GGGCCTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AACGGCGT`		-	16965867	16965874	-271	-278
	AtREG497	`AACGGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CTAACGGT`		-	16965893	16965900	-297	-304
	AtREG603	`CTAACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 16965948 AT2G40660.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	16965948	AT2G40660.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 16965941 AT2G40660.1

TSS clone T clone + 16965946 AT2G40660.1

TSS clone A clone + 16965954 AT2G40660.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	16965941	AT2G40660.1
TSS clone	`T`	clone	+	16965946	AT2G40660.1
TSS clone	`A`	clone	+	16965954	AT2G40660.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAGCCCATA + 16965801 16965811 AT2G40660.1

AtREG365 TAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAATGGGCT + 16965823 16965832 AT2G40660.1

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTAGGCCCATTAT + 16965843 16965855 AT2G40660.1

AtREG475 CTAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546      CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGCCGTT + 16965867 16965874 AT2G40660.1

AtREG497 ACGCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

REG ACCGTTAG + 16965893 16965900 AT2G40660.1

AtREG603 ACCGTTAG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR