version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G41540

Summary of Gene (AT2G41540)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G41540  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G41540  
Description Encodes a protein with NAD-dependent glycerol-3-phosphate (G3P) dehydrogenase which was shown to complement an Escherichia coli strain: BB20-14, auxotrophic for glycerol/G3P due to a loss-of-function mutation in the gpsA gene.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17325051-17326250)

Genome position     
from initiation codon
AT2G41540.1         
AT2G41540.2         
AT2G41540.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G41540                        5'->3' (+)
Promoter sequence



 
AT2G41530.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G41540

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8+17326170-631

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+17326128-673
TSS cloneAclone+17326159-642
TSS cloneTclone+17326171-630

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCTTCT+1732614717326156-654-645
Y PatchTCTTTCTC+1732619217326199-609-602
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGGTATA+1732587117325878-930-923
 AtREG629CCGGTATA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG33-17325494AT2G41530.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-17325595AT2G41530.1
TSS cloneAclone-17325548AT2G41530.1
TSS cloneTclone-17325484AT2G41530.1
TSS cloneGclone-17325452AT2G41530.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCT-1732547717325484AT2G41530.1
Y PatchTTTCTTCTTCTTCTTC-1732551117325526AT2G41530.1
Y PatchCCTCTCTCAT-1732553417325543AT2G41530.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTATGGGCT-1732557317325580AT2G41530.1
 AtREG477TATGGGCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAGTTGGGCCA-1732561517325624AT2G41530.1
 AtREG607AGTTGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG449 GTTGGGCC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420  TTGGGCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGATAAACCGGAT-1732567117325681AT2G41530.1
 AtREG598ATAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG561   AACCGGAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.