PlantPromoterDB promoter information of AT2G41540

Summary of Gene (AT2G41540)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G41540 TAIR NCBI
Gene model	AT2G41540
Description	Encodes a protein with NAD-dependent glycerol-3-phosphate (G3P) dehydrogenase which was shown to complement an Escherichia coli strain: BB20-14, auxotrophic for glycerol/G3P due to a loss-of-function mutation in the gpsA gene.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17325451-17326650)

`Genome position from initiation codon` `AT2G41540.1 AT2G41540.2 AT2G41540.3 TSS from cDNA TSS information AT2G41540 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G41530.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G41540

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 17326170 -631

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	17326170	-631

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 17326128 -673

TSS clone A clone + 17326159 -642

TSS clone T clone + 17326171 -630

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	17326128	-673
TSS clone	`A`	clone	+	17326159	-642
TSS clone	`T`	clone	+	17326171	-630

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTCT + 17326147 17326156 -654 -645

Y Patch TCTTTCTC + 17326192 17326199 -609 -602

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTCT`	+	17326147	17326156	-654	-645
Y Patch	`TCTTTCTC`	+	17326192	17326199	-609	-602
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGGTATA + 17325871 17325878 -930 -923

AtREG629 CCGGTATA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGGTATA`		+	17325871	17325878	-930	-923
	AtREG629	`CCGGTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 33 - 17325494 AT2G41530.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	33	-	17325494	AT2G41530.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 17325595 AT2G41530.1

TSS clone A clone - 17325548 AT2G41530.1

TSS clone T clone - 17325484 AT2G41530.1

TSS clone G clone - 17325452 AT2G41530.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	17325595	AT2G41530.1
TSS clone	`A`	clone	-	17325548	AT2G41530.1
TSS clone	`T`	clone	-	17325484	AT2G41530.1
TSS clone	`G`	clone	-	17325452	AT2G41530.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCT - 17325477 17325484 AT2G41530.1

Y Patch TTTCTTCTTCTTCTTC - 17325511 17325526 AT2G41530.1

Y Patch CCTCTCTCAT - 17325534 17325543 AT2G41530.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCT`	-	17325477	17325484	AT2G41530.1
Y Patch	`TTTCTTCTTCTTCTTC`	-	17325511	17325526	AT2G41530.1
Y Patch	`CCTCTCTCAT`	-	17325534	17325543	AT2G41530.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TATGGGCT - 17325573 17325580 AT2G41530.1

AtREG477 TATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AGTTGGGCCA - 17325615 17325624 AT2G41530.1

AtREG607 AGTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG449 GTTGGGCC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATAAACCGGAT - 17325671 17325681 AT2G41530.1

AtREG598 ATAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif