PlantPromoterDB promoter information of AT2G41840.1

Summary of Gene (AT2G41840.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G41840 TAIR NCBI
Gene model	AT2G41840.1
Description	40S ribosomal protein S2 (RPS2C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, nucleolus, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005711), Double-stranded RNA-binding-like (InterPro:IPR014720), Ribosomal protein S5, C-terminal (InterPro:IPR005324), Ribosomal protein S5 (InterPro:IPR000851), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR014721), Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site (InterPro:IPR018192), Ribosomal protein S5, N-terminal (InterPro:IPR013810); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40S ribosomal protein S2 (RPS2B) (TAIR:AT1G59359.1); Has 9044 Blast hits to 7622 proteins in 1716 species: Archae - 183; Bacteria - 3055; Metazoa - 2026; Fungi - 746; Plants - 385; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 2632 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17462398-17461199)

`Genome position from initiation codon` `AT2G41850.1 TSS from cDNA TSS information AT2G41840.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G41840.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 285 - 17461460 -62

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	285	-	17461460	-62

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 17461468 -70

TSS clone C clone - 17461467 -69

TSS clone T clone - 17461466 -68

TSS clone C clone - 17461464 -66

TSS clone C clone - 17461463 -65

TSS clone T clone - 17461462 -64

TSS clone A clone - 17461460 -62

TSS clone A clone - 17461456 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	17461468	-70
TSS clone	`C`	clone	-	17461467	-69
TSS clone	`T`	clone	-	17461466	-68
TSS clone	`C`	clone	-	17461464	-66
TSS clone	`C`	clone	-	17461463	-65
TSS clone	`T`	clone	-	17461462	-64
TSS clone	`A`	clone	-	17461460	-62
TSS clone	`A`	clone	-	17461456	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATATC - 17461494 17461503 -96 -105

Y Patch TTCTCTTCCTC - 17461461 17461471 -63 -73

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATATC`	-	17461494	17461503	-96	-105
Y Patch	`TTCTCTTCCTC`	-	17461461	17461471	-63	-73
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTTTA - 17461539 17461546 -141 -148

AtREG467 GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCAGGCCCATTTAAGCCCACT - 17461579 17461599 -181 -201

AtREG374 TCAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426            TAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518             AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510              AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ACGTGTGA - 17461610 17461617 -212 -219

AtREG588 ACGTGTGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTTTA`		-	17461539	17461546	-141	-148
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCAGGCCCATTTAAGCCCACT`		-	17461579	17461599	-181	-201
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ACGTGTGA`		-	17461610	17461617	-212	-219
	AtREG588	`ACGTGTGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None