PlantPromoterDB promoter information of AT2G42120.1

Summary of Gene (AT2G42120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G42120 TAIR NCBI
Gene model	AT2G42120.1
Description	DNA POLYMERASE DELTA SMALL SUBUNIT (POLD2); FUNCTIONS IN: DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity; INVOLVED IN: DNA replication; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA polymerase alpha/epsilon, subunit B (InterPro:IPR007185); Has 462 Blast hits to 457 proteins in 184 species: Archae - 74; Bacteria - 0; Metazoa - 131; Fungi - 95; Plants - 26; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 136 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17566965-17565766)

`Genome position from initiation codon` `AT2G42120.2 TSS from cDNA TSS information AT2G42120.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G42130.1 AT2G42130.2 AT2G42130.3 AT2G42130.4 AT2G42130.5 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 17566035 -70

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	17566035	-70

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 17566032 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	17566032	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAACCGGGTT - 17566087 17566097 -122 -132

AtREG501 TTAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG455   AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516    ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCGGTTTATATCCGGTTCAA - 17566114 17566134 -149 -169

AtREG436 ACCGGTTT              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 CCGGTTTA             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598   CGGTTTAT            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561           ATCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579            TCCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480             CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640              CGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACCA - 17566256 17566265 -291 -300

AtREG556 AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655   CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAACCGGGTT`		-	17566087	17566097	-122	-132
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCGGTTTATATCCGGTTCAA`		-	17566114	17566134	-149	-169
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG640	`CGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACCA`		-	17566256	17566265	-291	-300
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 17566181 AT2G42130.1, AT2G42130.4, AT2G42130.3, AT2G42130.5, AT2G42130.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	17566181	AT2G42130.1, AT2G42130.4, AT2G42130.3, AT2G42130.5, AT2G42130.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCTTCT + 17566218 17566229 AT2G42130.1, AT2G42130.2, AT2G42130.3, AT2G42130.4, AT2G42130.5

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCTTCT`	+	17566218	17566229	AT2G42130.1, AT2G42130.2, AT2G42130.3, AT2G42130.4, AT2G42130.5
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACCCGGTTAA + 17566087 17566097 AT2G42130.1, AT2G42130.2, AT2G42130.3, AT2G42130.4, AT2G42130.5

AtREG516 AACCCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG501    CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TTGAACCGGATATAAACCGGT + 17566114 17566134 AT2G42130.1, AT2G42130.2, AT2G42130.3, AT2G42130.4, AT2G42130.5

AtREG640 TTGAACCG              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   GAACCGGA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598            ATAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412             TAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436              AAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif