PlantPromoterDB promoter information of AT2G42230.1

Summary of Gene (AT2G42230.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G42230 TAIR NCBI
Gene model	AT2G42230.1
Description	tubulin-specific chaperone C-related; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CARP motif (InterPro:IPR006599), C-CAP/cofactor C-like domain (InterPro:IPR017901), Tubulin binding cofactor C (InterPro:IPR012945); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin-specific chaperone C-related (TAIR:AT3G57890.1); Has 235 Blast hits to 235 proteins in 65 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 135; Fungi - 0; Plants - 45; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 55 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17597563-17596364)

`Genome position from initiation codon` `AT2G42230.2 TSS from cDNA TSS information AT2G42230.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G42240.1 AT2G42240.2 AT2G42240.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42230.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 8 - 17596614 -51

TSS peak A 8 - 17596601 -38

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	8	-	17596614	-51
TSS peak	`A`	8	-	17596601	-38

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17596629 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17596629	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTC - 17596584 17596591 -21 -28

Y Patch TTTCTTCTTCTT - 17596646 17596657 -83 -94

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTC`	-	17596584	17596591	-21	-28
Y Patch	`TTTCTTCTTCTT`	-	17596646	17596657	-83	-94
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTTTTTGACCC - 17596729 17596742 -166 -179

AtREG459 GGCCTTTT       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG592       TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG CTTAATGGGCCGTTTAAAGCCCATTTA - 17596749 17596775 -186 -212

AtREG604 CTTAATGG                    PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380     ATGGGCCG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368      TGGGCCGT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377       GGGCCGTT              PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG613         GCCGTTTA            PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG545              TTAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365               TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376                AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378                 AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372                  AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                   GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                    CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTTTTTGACCC`		-	17596729	17596742	-166	-179
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`CTTAATGGGCCGTTTAAAGCCCATTTA`		-	17596749	17596775	-186	-212
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG377	`GGGCCGTT`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG613	`GCCGTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone + 17596818 AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3

TSS clone peak A clone + 17596832 AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	17596818	AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3
TSS clone peak	`A`	clone	+	17596832	AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None