PlantPromoterDB promoter information of AT2G42790.1

Summary of Gene (AT2G42790.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G42790 TAIR NCBI
Gene model	AT2G42790.1
Description	Encodes a peroxisomal citrate synthase that is expressed throughout seedling and shoot development.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17806991-17805792)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G42790.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42790.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 17806049 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	17806049	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17806049 -58

TSS clone A clone - 17806048 -57

TSS clone C clone - 17806039 -48

TSS clone C clone - 17806028 -37

TSS clone C clone - 17806020 -29

TSS clone A clone - 17805992 -1

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17806049	-58
TSS clone	`A`	clone	-	17806048	-57
TSS clone	`C`	clone	-	17806039	-48
TSS clone	`C`	clone	-	17806028	-37
TSS clone	`C`	clone	-	17806020	-29
TSS clone	`A`	clone	-	17805992	-1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTTCTTCTCTCCTTCT - 17806013 17806035 -22 -44

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTTCTTCTCTCCTTCT`	-	17806013	17806035	-22	-44
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACACGTGGAT - 17806122 17806132 -131 -141

AtREG453 TACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG408   CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG547    ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ACGCCGTTGGAT - 17806156 17806167 -165 -176

AtREG497 ACGCCGTT     PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

AtREG554    CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586     CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG ACCGTTAG - 17806191 17806198 -200 -207

AtREG603 ACCGTTAG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG GTGGGTCCCAC - 17806234 17806244 -243 -253

AtREG523 GTGGGTCC    PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC   ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG596   GGGTCCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG406    GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TTCGGCCCATTC - 17806318 17806329 -327 -338

AtREG427 TTCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG643     GCCCATTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCATAT - 17806338 17806348 -347 -357

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACACGTGGAT`		-	17806122	17806132	-131	-141
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG547	`ACGTGGAT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ACGCCGTTGGAT`		-	17806156	17806167	-165	-176
	AtREG497	`ACGCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`ACCGTTAG`		-	17806191	17806198	-200	-207
	AtREG603	`ACCGTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`GTGGGTCCCAC`		-	17806234	17806244	-243	-253
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG596	`GGGTCCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG406	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TTCGGCCCATTC`		-	17806318	17806329	-327	-338
	AtREG427	`TTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG643	`GCCCATTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCATAT`		-	17806338	17806348	-347	-357
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None