PlantPromoterDB promoter information of AT2G42840

Summary of Gene (AT2G42840)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G42840 TAIR NCBI
Gene model	AT2G42840
Description	Encodes a putative extracellular proline-rich protein is exclusively expressed in the L1 layer of vegetative, inflorescence and floral meristems and the protoderm of organ primordia.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17837876-17836677)

`Genome position from initiation codon` `AT2G42870.1 TSS from cDNA TSS information AT2G42840 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42840

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 456 - 17827480 -54

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	456	-	17827480	-54

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17827483 -57

TSS clone C clone - 17827482 -56

TSS clone C clone - 17827477 -51

TSS clone T clone - 17827469 -43

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17827483	-57
TSS clone	`C`	clone	-	17827482	-56
TSS clone	`C`	clone	-	17827477	-51
TSS clone	`T`	clone	-	17827469	-43

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAACC - 17827505 17827514 -79 -88

Y Patch CTTCTCTCT - 17827450 17827458 -24 -32

Y Patch TCTTTCCTTCCCTCT - 17827516 17827530 -90 -104

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAACC`	-	17827505	17827514	-79	-88
Y Patch	`CTTCTCTCT`	-	17827450	17827458	-24	-32
Y Patch	`TCTTTCCTTCCCTCT`	-	17827516	17827530	-90	-104
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGGTATTAAATGGG - 17827625 17827639 -199 -213

AtREG614 GGGGTATT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGGTATTAAATGGG`		-	17827625	17827639	-199	-213
	AtREG614	`GGGGTATT`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 17837244 AT2G42870.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	17837244	AT2G42870.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 17837246 AT2G42870.1

TSS clone C clone - 17837245 AT2G42870.1

TSS clone T clone - 17837243 AT2G42870.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17837246	AT2G42870.1
TSS clone	`C`	clone	-	17837245	AT2G42870.1
TSS clone	`T`	clone	-	17837243	AT2G42870.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCATATATATATATATAAC - 17837267 17837285 AT2G42870.1

Y Patch CATCTCTCTCTT - 17837195 17837206 AT2G42870.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCATATATATATATATAAC`	-	17837267	17837285	AT2G42870.1
Y Patch	`CATCTCTCTCTT`	-	17837195	17837206	AT2G42870.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGAACCG - 17837326 17837333 AT2G42870.1

AtREG640 TTGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACC - 17837436 17837444 AT2G42870.1

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif