PlantPromoterDB promoter information of AT2G42870

Summary of Gene (AT2G42870)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G42870 TAIR NCBI
Gene model	AT2G42870
Description	Encodes PHYTOCHROME RAPIDLY REGULATED1 (PAR1), an atypical basic helix-loop-helix (bHLP) protein. Closely related to PAR2 (At3g58850). Up regulated after simulated shade perception. Acts in the nucleus to control plant development and as a negative regulator of shade avoidance response. Functions as transcriptional repressor of auxin-responsive genes SAUR15 (AT4G38850) and SAUR68 (AT1G29510).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17838187-17836988)

`Genome position from initiation codon` `AT2G42870.1 TSS from cDNA TSS information AT2G42870 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42870

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 17837244 -57

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	17837244	-57

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17837246 -59

TSS clone C clone - 17837245 -58

TSS clone T clone - 17837243 -56

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17837246	-59
TSS clone	`C`	clone	-	17837245	-58
TSS clone	`T`	clone	-	17837243	-56

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCATATATATATATATAAC - 17837267 17837285 -80 -98

Y Patch CATCTCTCTCTT - 17837195 17837206 -8 -19

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCATATATATATATATAAC`	-	17837267	17837285	-80	-98
Y Patch	`CATCTCTCTCTT`	-	17837195	17837206	-8	-19
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCG - 17837326 17837333 -139 -146

AtREG640 TTGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGAACC - 17837436 17837444 -249 -257

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCG`		-	17837326	17837333	-139	-146
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACC`		-	17837436	17837444	-249	-257
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None