PlantPromoterDB promoter information of AT2G43100

Summary of Gene (AT2G43100)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G43100 TAIR NCBI
Gene model	AT2G43100
Description	aconitase C-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: hydro-lyase activity, 3-isopropylmalate dehydratase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: 3-isopropylmalate dehydratase complex, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-isopropylmalate dehydratase, small subunit (InterPro:IPR012305), Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel (InterPro:IPR000573), Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel (InterPro:IPR015928), Aconitase-like core (InterPro:IPR015937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aconitase C-terminal domain-containing protein (TAIR:AT2G43090.1); Has 5949 Blast hits to 5949 proteins in 1261 species: Archae - 224; Bacteria - 3135; Metazoa - 7; Fungi - 224; Plants - 45; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2314 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17919685-17920884)

`Genome position from initiation codon` `AT2G43090.1 AT2G43100.1 TSS from cDNA TSS information AT2G43100 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G43100

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 36 + 17920664 -21

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	36	+	17920664	-21

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 17920660 -25

TSS clone A clone + 17920664 -21

TSS clone A clone + 17920671 -14

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17920660	-25
TSS clone	`A`	clone	+	17920664	-21
TSS clone	`A`	clone	+	17920671	-14

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCCT + 17920693 17920702 8 17

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCCT`	+	17920693	17920702	8	17
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAACGACGT + 17920380 17920389 -305 -296

AtREG576 GAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493 AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TCAAAACGC + 17920566 17920574 -119 -111

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAACGACGT`		+	17920380	17920389	-305	-296
	AtREG576	`GAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TCAAAACGC`		+	17920566	17920574	-119	-111
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None