PlantPromoterDB promoter information of AT2G43360

Summary of Gene (AT2G43360)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G43360 TAIR NCBI
Gene model	AT2G43360
Description	Catalyzes the conversion of dethiobiotin to biotin.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18014129-18012930)

`Genome position from initiation codon` `AT2G43360.1 TSS from cDNA TSS information AT2G43360 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G43370.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G43360

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 18013200 -71

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	18013200	-71

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 18013219 -90

TSS clone C clone - 18013166 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	18013219	-90
TSS clone	`C`	clone	-	18013166	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCTTCTTCTT - 18013158 18013175 -29 -46

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCTTCTTCTT`	-	18013158	18013175	-29	-46
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCAACGG - 18013249 18013256 -120 -127

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG GGTCCCAC - 18013271 18013278 -142 -149

AtREG406 GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AATTGGGCTTAT - 18013313 18013324 -184 -195

AtREG418 AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402 ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAAGCCCAACA - 18013329 18013341 -200 -212

AtREG589 AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574     AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG543      GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG ACGTCGTCGTTT - 18013357 18013368 -228 -239

AtREG526 ACGTCGTC     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG648    TCGTCGTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415     CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGACGTC - 18013475 18013482 -346 -353

AtREG431 ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCAACGG`		-	18013249	18013256	-120	-127
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`GGTCCCAC`		-	18013271	18013278	-142	-149
	AtREG406	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCTTAT`		-	18013313	18013324	-184	-195
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCCCAACA`		-	18013329	18013341	-200	-212
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`ACGTCGTCGTTT`		-	18013357	18013368	-228	-239
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG648	`TCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGACGTC`		-	18013475	18013482	-346	-353
	AtREG431	`ACGACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 18013419 AT2G43370.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	18013419	AT2G43370.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 18013377 AT2G43370.1

TSS clone T clone + 18013378 AT2G43370.1

TSS clone A clone + 18013409 AT2G43370.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18013377	AT2G43370.1
TSS clone	`T`	clone	+	18013378	AT2G43370.1
TSS clone	`A`	clone	+	18013409	AT2G43370.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGTTGGA + 18013249 18013256 AT2G43370.1

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG GTGGGACC + 18013271 18013278 AT2G43370.1

AtREG406 GTGGGACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG ATAAGCCCAATT + 18013313 18013324 AT2G43370.1

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTTGGGCTTTTT + 18013329 18013341 AT2G43370.1

AtREG543 TGTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT     PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589      GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACGACGACGT + 18013357 18013368 AT2G43370.1

AtREG415 AAACGACG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648 AACGACGA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG526     GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT