PlantPromoterDB promoter information of AT2G43590

Summary of Gene (AT2G43590)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G43590 TAIR NCBI
Gene model	AT2G43590
Description	chitinase, putative; FUNCTIONS IN: chitin binding, chitinase activity; INVOLVED IN: cell wall macromolecule catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, LP.04 four leaves visible, C globular stage, LP.02 two leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chitinase, putative (TAIR:AT2G43580.1); Has 1881 Blast hits to 1685 proteins in 380 species: Archae - 0; Bacteria - 391; Metazoa - 33; Fungi - 138; Plants - 1211; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 90 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18083749-18082550)

`Genome position from initiation codon` `AT2G43590.1 TSS from cDNA TSS information AT2G43590 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G43590

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 18082768 -19

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	18082768	-19

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 18082767 -18

TSS clone A clone - 18082761 -12

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	18082767	-18
TSS clone	`A`	clone	-	18082761	-12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCCCTATATATACC - 18082792 18082805 -43 -56

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCCCTATATATACC`	-	18082792	18082805	-43	-56
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATAG - 18082833 18082840 -84 -91

AtREG624 CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAGTCAA - 18082910 18082917 -161 -168

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATAG`		-	18082833	18082840	-84	-91
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		-	18082910	18082917	-161	-168
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None