PlantPromoterDB promoter information of AT2G43620

Summary of Gene (AT2G43620)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G43620 TAIR NCBI
Gene model	AT2G43620
Description	chitinase, putative; FUNCTIONS IN: chitin binding, chitinase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: apoplast; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycoside hydrolase family 19 protein (TAIR:AT2G43610.1); Has 2130 Blast hits to 1900 proteins in 431 species: Archae - 0; Bacteria - 469; Metazoa - 33; Fungi - 213; Plants - 1231; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 150 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18096025-18094826)

`Genome position from initiation codon` `AT2G43620.1 TSS from cDNA TSS information AT2G43620 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G43630.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G43620

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 82 - 18095048 -23

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	82	-	18095048	-23

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATAAATA - 18095075 18095085 -50 -60

Y Patch CCTTCTTC - 18095057 18095064 -32 -39

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATAAATA`	-	18095075	18095085	-50	-60
Y Patch	`CCTTCTTC`	-	18095057	18095064	-32	-39
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCC - 18095149 18095156 -124 -131

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTGACTTT - 18095164 18095171 -139 -146

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTGACTTT - 18095194 18095201 -169 -176

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCC`		-	18095149	18095156	-124	-131
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	18095164	18095171	-139	-146
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTGACTTT`		-	18095194	18095201	-169	-176
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 18095777 AT2G43630.1

TSS clone peak A clone + 18095779 AT2G43630.1

TSS clone G clone + 18095780 AT2G43630.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	18095777	AT2G43630.1
TSS clone peak	`A`	clone	+	18095779	AT2G43630.1
TSS clone	`G`	clone	+	18095780	AT2G43630.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None