PlantPromoterDB promoter information of AT2G44180.1

Summary of Gene (AT2G44180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G44180 TAIR NCBI
Gene model	AT2G44180.1
Description	Encodes a MAP2 like methionine aminopeptidase. In MAP1A mutant background plants show an increased sensitivity to fumagillin resulting in defects in development. Phenotype is similar to RNAi lines which knock out all MAP2/MAP1 loci.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18272785-18271586)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G44180.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G44190.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G44180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 18271838 -53

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	18271838	-53

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 18271843 -58

TSS clone T clone - 18271842 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	18271843	-58
TSS clone	`T`	clone	-	18271842	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTC - 18271815 18271823 -30 -38

Y Patch CTTTCTTCT - 18271827 18271835 -42 -50

Y Patch CTTCTTCT - 18271842 18271849 -57 -64

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTC`	-	18271815	18271823	-30	-38
Y Patch	`CTTTCTTCT`	-	18271827	18271835	-42	-50
Y Patch	`CTTCTTCT`	-	18271842	18271849	-57	-64
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATATTGGGCCCAATAAG - 18272003 18272019 -218 -234

AtREG509 ATATTGGG          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    TTGGGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355 TATTGGGCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417         CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611          CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGCCTATT - 18272021 18272031 -236 -246

AtREG482 GTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358 TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362   GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424    GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATATTGGGCCCAATAAG`		-	18272003	18272019	-218	-234
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`TATTGGGCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGGCCTATT`		-	18272021	18272031	-236	-246
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTC + 18271743 18271750 AT2G44190.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	18271743	18271750	AT2G44190.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None